Plusieurs années ont passé depuis que Sojobo fut scellé. Le sang du Tengu dans le clan Uchiwa n'est plus aussi pur qu'il le fut au commencement, constamment "dilué" par les nombreux mariages avec les non-Uchiha au fil des générations. Si bien que maintenant le Sharingan normal n'est possédé que par l'élite et encore moins possèdent le Mangekyou Sharingan.
La sombre histoire de ce clan, bien qu'elle ne soit connue que par quelques membres, fut oubliée. Un temple Tengu fut battit sous le temple Nakano par quelques anciens du clan Uchiha afin d'y garder tous les secrets du clan (inclut le fait de tuer l'être le plus proche afin d'obtenir le Mangekyou Sharingan qui fut découvert par quelques anciens). Ce n'est qu'une fois passé à l'âge adulte et une fois qu'ils se sont montrés dignes de confiance, que les Uchiwa sont autorisés à accéder à cet endroit. Une fois le passé de leur clan connu, ils seront contraints durant toute leur vie de garder ce secret.
Les anciens Uchiwa considéraient cette sombre histoire comme une immense disgrâce et firent le serment de garder intact l'honneur de leur clan...
Il y a 20 ans de cela, un nouveau né vint au monde au sein du clan Uchiwa. Et dès son plus jeune âge il s'avéra que cet enfant était spécial. Il fut diplômé de l'académie en étant le premier de sa classe à l'age de 7 ans, maîtrisa le Sharingan à 8 ans, devint chunin à 10 ans et leader d'une troupe d'ANBU à l'âge de 13 ans. Son nom était Uchiwa Itachi.
Comme Itachi fut sélectionné pour faire parti des ANBU, son père jugea qu'il était temps de lui dire la vérité. Itachi apprit alors l'existence du Mangekyou Sharingan et l'origine de son clan de la bouche de son père. Au plus profond de son esprit, d'obscures idées apparurent.
Une nuit, alors que tous les membres du clan Uchiwa étaient supposés se rassembler dans un lieu de rencontre secret, deux d'entre eux étaient absents : Itachi et Shisui.
Itachi attira son meilleur ami Shisui à la rivière de Nakano et mit son terrible plan à exécution. Il tua Shisui cette nuit là et obtint ainsi le plus puissant des pouvoirs maudits : le Mangekyou Sharingan. Le jour suivant le corps de Shisui fut découvert accompagné d'un mot d'adieu. Mais comme vous vous en doutez, il n'était pas écrit de la main de Shisui mais de celle d'Itachi qui changea son style d'écriture grâce au Sharingan afin de maquiller ce meurtre en suicide, ce qui signifie que ce qui était marqué sur le papier retrouvé avec le corps de Shisui sont les sentiments d'Itachi :
" J'en ai assez de ces doutes
il n'y a pas d'avenir pour les Uchiwa
et pour moi non plus
Je ne peux m'écarter du chemin "
Je ne peux m'écarter du chemin ? Mais de quel chemin parle t-il ? De l'obligation du clan de ne pas se montrer plus fort à cause de leurs origines ?
Peut-être que ceci vous donnera une meilleure idée.
" Tu es bloqué dans cette organisation, ton nom, ton clan, tout ceci nous limite et limite nos capacités ... J'ai perdu tout espoir pour ce clan pathétique "
Vivant toujours avec la peur que quelqu'un puisse découvrir les secrets de leur clan, la peur que l'on sache que les Uchiwa sont les descendants d'un démon, ils jurèrent tous d'emporter ces secrets dans leur tombe. C'était la misérable vie de chacun des Uchiwa. Itachi en avait assez. Il ne voyait pas de futur pour son clan. Il ne comprenait pas pourquoi les Uchiwa étaient si honteux de leur passé. Il ne comprenait pas pourquoi son clan ne voyait pas leur supériorité par rapport aux autres humains. Il ne comprenait pas pourquoi son clan décida de sceller un si grand pouvoir sans l'utiliser. Itachi perdit tout espoir pour le clan Uchiwa à cause de la pathétique voie qu'ils avaient choisi.
Depuis ce moment là, Itachi avait un étrange complexe de supériorité. Il pensait qu'il était quelqu'un de plus spécial que n'importe qui. Et son esprit torturé alla plus loin, il voulait que le démon soit relâché. Il était prêt à sacrifier son corps en échange, probablement, du plus grand pouvoir que le monde ait jamais vu. Il était prêt à offrir son corps au roi des Tengu.
Itachi mit alors ses paroles à exécution. Quand il apprit l'existence de l'organisation criminelle Akatsuki et qu'il prit connaissance de leur plan, c'est à dire la capture des Bijuus, il décida de les rejoindre. Il avait besoin de leur aide pour obtenir le chakra de Kyuubi. Mais ce n'est pas tout. Il fallait aussi qu'Itachi trouve deux autres utilisateurs du Mangekyou Sharingan. D'une manière ou d'une autre il arriva à en trouver un autre, en accord avec lui. Tout ce dont il avait besoin maintenant était le troisième utilisateur du Mangekyou Sharingan.
Itachi savait que les membres de son clan ne tueraient jamais la personne qu'ils aiment le plus pour obtenir le Mangekyou Sharingan. Il les méprisait. C'était une bande de lâches, inutiles .... attendez, Itachi eu soudainement une idée - il pouvait toujours les utiliser pour atteindre son but. Il pouvait les utiliser afin que son petit frère devienne le troisième utilisateur du Mangekyou Sharingan ....